Toutes les données génotypiques de la CEMT (fichiers bam alignés, appels de variantes et fastqs bruts sous-jacents) peuvent être téléchargées via l'étude EGAS00001000552 de des archives génomiques européennes. Les données sont soumises à un accès protégé et à un embargo pendant une période de neuf mois après leur soumission aux archives. Veuillez consulter la politique d'accès aux données pour plus de détails.
Pour travailler avec des pistes traitées, il est recommandé, pour les traitements hors ligne, d'utiliser la ressource suivante pour accéder aux données avec attributs de métadonnées annotés: hub de données json. Veuillez consulter le dépôt github de l'IHEC pour obtenir une description actuelle de la spécification json ainsi que les recommandations officielles actuelles en matière de métadonnées du comité de travail sur les métadonnées de l'IHEC.
Tous les fichiers publiés par la CEMT suivent la convention selon laquelle le premier préfixe du nom du fichier correspond au nom de la bibliothèque, qui est également l'identifiant unique de l'expérience utilisé dans le hub json. En général, bien qu'un certain nombre de détails puissent être extraits du nom du fichier, la référence au document json est idéale.
Les pages de méthodes, spécifiées par la version d'analyse ci-dessous, décrivent les types de fichiers et les flux de travail utilisés:
En cas de besoin de clarification, veuillez envoyer un courriel à edcc@bcgsc.ca.
