VisRseq
VisRseq est un cadre d'analyse des ensembles de données de séquençage qui fournit un cadre riche en calcul et accessible pour des analyses intégratives et interactives sans nécessiter d'expertise en programmation.
Le cadre VisRseq fournit une collection extensible d'applications R, qui offrent une interface utilisateur graphique unifiée et générée de manière semi-automatique pour les paquets de calcul en R et en Bioconducteur. Pour pallier les limites de l'interactivité inhérentes à R, plusieurs applications natives sont intégrées au cadre qui permettent des opérations interactives d'exploration et de brushing ainsi qu'un navigateur de génome intégré. Toutes les applications peuvent être enchaînées entre elles pour créer des flux d'analyse plus puissants.
Pour des renseignements additionnels, des guides d'utilisation et les téléchargements, visitez le site web du projet VisRseq.
ALEA
ALEA est une boîte à outils de calcul pour l'analyse épigénomique allèle-spécifique (AS).
ALEA intègre des données sur les variations alléliques dans les ressources existantes, ce qui permet d'identifier des associations significatives entre les modifications épigénétiques et des variantes alléliques spécifiques dans les cellules humaines et murines. ALEA fournit un pipeline d'outils personnalisable de lignes de commande pour l'analyse AS des données de séquençage de nouvelle génération (ChIP-seq, RNA-seq, etc.) qui prend les données de séquençage brutes et produit des pistes alléliques séparées prêtes à être visualisées sur les navigateurs de génomes.
Pour plus d'informations, des guides d'utilisation et les téléchargements, visitez le site web du projet ALEA.
ChAsE
ChAsE (Analyse et exploration de la chromatine) est une application de bureau multiplateforme qui fournit une interface graphique interactive pour l'analyse des données épigénomiques.
ChAsE permet aux utilisateurs d'explorer et d'analyser de manière interactive les données épigénomiques grâce à une interface intégrée de clustering et de heat map. Les fonctionnalités comprennent :
- Exploration et visualisation des données avec une interface interactive de heat map et graphique
- Regroupement des données automatiquement ou manuellement par tri et brushing des heat maps
- Exportation des résultats pour une analyse en aval ou sous forme d'images de haute qualité pour les publications
Pour plus de renseignements, des tutoriels vidéo et les téléchargements, visitez le site web du projet ChAsE.
Spark
Spark est un outil interactif de clustering et de visualisation.
Spark permet l'exploration de données sur l'ensemble du génome. Il nécessite deux soumissions de données : (i) une ou plusieurs pistes de données, et (ii) un ensemble de coordonnées du génome d'intérêt. Spark extrait ensuite les données à partir des pistes soumises dans les régions d'intérêt spécifiées et effectue un clustering de celles-ci. La visualisation qui en résulte utilise les clusters comme un guide visuel de haut niveau des patrons de données communs dans les données soumises et fournit des liens vers les outils d'analyse ontologique des gènes. Elle permet également l'inspection interactive de régions individuelles au sein de chaque cluster et les relie aux affichages des navigateurs de génome existants, en tirant profit de leur richesse en annotations et en fonctionnalités.
Pour plus de renseignements, y compris des tutoriels vidéo et les téléchargements, visitez le site web du projet Spark.
FindER
FindER est un outil d'analyse permettant l'étude des modifications épigénétiques et des interactions protéine-ADN à partir de données ChIP-Seq.
En prenant les fichiers d'alignement ChIP-Seq et d'ADN soumis en format BAM, FindER génère des régions d'enrichissement pour une significativité particulière (FDR). Actuellement, les alignements sur le génome humain (hg19) et le génome de référence de la souris (mm10), à la fois par paires et simple, sont possibles. Certaines options de post-traitement (par exemple, combiner les régions enrichies étroitement positionnées et filtrer selon la taille de la région enrichie) sont possibles avec FindER. Étudier la saturation des ensembles de données est également disponible avec un partitionnement aléatoire des lectures séquentielles configurable par l'utilisateur.
Pour plus de renseignements sur FindER et le téléchargement du logiciel, visitez la page du projet FindER.
