Directives de l'IHEC
Le Consortium international d'épigénomique humaine (IHEC) a créé un comité de travail sur les normes d'analyse et le contrôle de qualité (présidé par Martin Hirst, chef de réseau du CEEHRC) afin de définir les analyses requises pour trois classes distinctes d'épigénomes de référence, et de définir des protocoles normalisés et des mesures de contrôle de qualité pour chaque analyse. Les recommandations du comité visent à fournir un cadre pour définir les épigénomes de référence à inclure dans le Consortium international de l'épigénome humain. Ces recommandations constituent des normes minimales basées sur les connaissances actuelles des facteurs contribuant à la régulation épigénomique dans les cellules humaines et sur l'état actuel des technologies de cartographie épigénomique, et sont revues et mises à jour chaque année.
Procédures opérationnelles standardisées
Les protocoles d'épigénomique spécifiques utilisés au Centre des sciences génomiques de la BC Cancer Agency sont énumérés ci-dessous à titre de ressource supplémentaire. Les documents ci-joints représentent les dernières versions de toutes les POS en date d'avril 2018 ; si vous avez besoin d'une version différente de l'une de nos POS, veuillez nous contacter.
- Laboratoire expérimental
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- Préparation des échantillons, extraction des acides nucléiques et contrôle de qualité
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- Transfer and Cutting of Tissue Samples
- Snap Freezing Protocol For Tissue
- Homogenization of Tissue using Tissue Lyser LT
- Harvesting Cell Lines for DNA/RNA Extraction and ChIP
- DNA/RNA Extraction with AllPrep (DNA) and mirVana (total RNA with small RNA) Isolation Kits
- Quantifying DNA samples using the Qubit Fluorometer
- Automated DNA Quantification using the dsDNA Quant-iT High Sensitivity Assay Kit and VICTOR3V
- Operation and Maintenance of the Agilent 2100 Bioanalyzer for DNA samples
- Operation and Maintenance of the Agilent 2100 Bioanalyzer for RNA Samples
- Operation and maintenance of the Caliper LabChip GX for DNA Samples using the High Sensitivity Assay
- Operation and Maintenance of the LabChipGX for RNA samples using the HT RNA Assay
- Total Nucleic Acid Extraction and Collection of Protein Fraction from OCT-embedded Tissue using the Microlab Nimbus
- Séquençage du génome entier (WGS)
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- Operation of the Covaris LE220
- 96-well PCR free Library Construction on NIMBUS for Illumina Sequencing
- 96-well TruSeq PCR Free Library Construction on NIMBUS for Illumina Sequencing
- Nimbus-assisted 96-well PCR-enriched Library Construction for Illumina Sequencing
- Automated qPCR Reaction Setup
- Automated qPCR Reaction Setup for the QuantStudio 7 Pro
- Séquençage du génome entier au bisulfite (WGBS)
- ARN-Seq
- MicroRNA-Seq
- Séquençage de l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-Seq)
- Validation et contrôle de qualité des réactifs ChIP-Seq